SMPIT Bina Ummah menjadikan Al-Qur’an sebagai program unggulan yang dirancang untuk membentuk generasi beriman, berakhlak mulia, dan cinta terhadap kalamullah. Melalui program ini, siswa tidak hanya dibimbing untuk mampu membaca Al-Qur’an dengan baik dan benar sesuai kaidah tajwid, tetapi juga diarahkan untuk memahami, menghafal, serta mengamalkan isi kandungannya dalam kehidupan sehari-hari. Program Al-Qur’an di SMPIT Bina Ummah meliputi:

1. Tahsin – Membina bacaan Al-Qur’an siswa agar tartil sesuai tajwid.

2. Tahfidz – Program Hafalan Al-Qur’an bertahap dengan terget minimal 3-5 Juz selama di SMP

3. Tadabbur Qur’ani – Mengajak siswa memahami makna ayat Al-Qur’an sehingga menjadi pedoman dalam sikap dan perilaku. 

 4. Muroja’ah Harian – Menjaga kualitas hafalan dengan pembiasaan tilawah dan setoran rutin.

5. Pembiasaan Qur’ani – Aktivitas harian seperti sholat dhuha, tilawah bersama, doa pagi, dan dzikir yang berlandaskan Al-Qur’an.

Dengan pembinaan intensif dari guru pembimbing Qur’ani, program ini diharapkan mampu melahirkan generasi muslim yang cerdas, berprestasi, dan Qur’ani, serta siap menjadi teladan di tengah masyarakat.