Lahirnya SMPIT Bina Ummah dilatarbelakangi adanya dorongan dan tuntutan dari masyarakat. Khususnya orang tua siswa yang telah mempercayakan pendidikan putra-putrinya di SD Sains Islam Al-Farabi, di bawah naungan Yayasan Bina Ummah (YABINU) Cirebon. Konsep pendidikan yang ditawarkan YABINU dirasa mampu memenuhi tuntutan kekinian, baik dari segi keilmuan maupun karakter pribadi peserta didik. Mereka merasa perlu untuk melanjutkan pendidikan lebih tinggi, dengan metode dan budaya yang sama.

Menyikapi semakin banyaknya tuntutan dari masyarakat tersebut, maka pada tanggal 14 Januari tahun 2014 dicetuskanlah SMPIT Bina Ummah, beralamat di Blok Campuan Kelurahan Tukmudal Kecamatan Sumber Kabupaten Cirebon, di bawah naungan Yayasan Bina Ummah Cirebon.
Untuk menahkodai SMPIT Bina Ummah sekaligus merintis lembaga pendidikan ini, ditunjuklah H. Ahmad Musyafa’, Lc., M.Pd.I. sebagai Kepala Sekolah, ditambah dengan empat orang guru, dan guru yang diperbantukan dari SD Sains Islam Al Farabi.

Pada angkatan pertama pembukaan pendaftaran tahun 2014, sebanyak 17 siswa yang mayoritas berasal dari SD Sains Islam Al-Farabi. Dalam perjalannya selama satu tahun, beberapa siswa bertambah karena pindahan dari pondok pesantren, sehingga berjumlah 22 siswa dan siswi. Setipa tahun, grafik pertumbuhan siswa semakin meningkat.

Pada tahun pertama, salah satu siwa kita yang masih kelas VII ikut bersaing dalam ajang OSN (Olimpiade Sains Nasional) di tingkat Kabupeten. Alhamdulillah, untuk mata pelajaran IPA mampu tampil sebagai terbaik kedua, sehingga SMPIT Bina Ummah mewakilli Kabupaten Cirebon, mengikuti OSN di tingkat propinsi Jawa Barat untuk Mata Pelajaran IPA.

Tahun kedua, penerimaan siswa baru hampir sama dengan tahun pertama. Prestasi demi prestasi berhasil diraih oleh para siswa, baik tingkat kabupaten maupun wilayah III Cirebon. Di tahun kedua ini, SMPIT Bina Ummah mendapat juara II Lomba Kesehatan Remaja yang diadakan oleh Dinas Kesehatan Kabupaten Cirebon. Penghargaan diberikan langsung oleh Ibu Bupati Cirebon.

Tahun ketiga adalah tahun pertama SMPIT Bina Ummah meluluskan. Sejak hari pertama masuk untuk siswa kelas IX, diselenggarakan Program Sukses UN. Hari pertama masuk diisi dengan pengayaan dan matrikulasi. Setelah berjalan satu pecan kemudian diadakan evaluasi dengan penialain.
Kegiatan ini berjalan intensif selama satu tahun hingga menjelang pelaksanaan Ujian Nasional. Alhamdulillah program pembekalan materi dan juga spiritual ini membuahkan hasil. SMPIT Bina Ummah, pertama kali mengikuti Ujian Nasional dengan izin Allah meraih nilai UN tertinggi se-Kabupaten Cirebon. Mengalahkan sekolah-sekolah bonafit yang lebih lama.

Keberhasilan ini, menjadikan SMPIT Bina Ummah semakin diperhitungkan, dijadikan sebagai sekolah pilihan untuk jenjang SMP. Hal ini terbukti dengan semakin banyaknya masyarakat yang mempercayakan pendidikan anaknya di SMPIT Bina Ummah, tidak hanya dari kalangan swasta, bahkan pejabat Dinas Pendidikan pun mempercayakan pendidikan anaknya di sekolah ini.